El Consejo Federal de Relaciones Exteriores y Comercio Internacional cuenta con cinco comisiones de trabajo, las cuales son coordinadas por las provincias de manera rotativa. Actualmente, están conformadas del siguiente modo:
- Comisión permanente de Relaciones Internacionales y Cooperación, coordinada por la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.
- Comisión permanente de Comercio Exterior e Inversiones, coordinada por la provincia de Tucumán.
- Comisión permanente de Mercosur y Negociaciones Económicas, coordinada por la provincia de Chubut.
- Comisión especial de Malvinas, Antártida y Atlántico Sur, coordinada por la provincia de Santa Cruz.
- Comisión especial de Integración Física y Energética, coordinada por la provincia de Jujuy,
